В 1906–1907 гг. в армии и на флоте произошел ряд выступлений солдат и матросов против начальства. В декабре 1906 г. около 450 матросов, недовольных условиями службы, напали на дом начальника морского штаба, ранили хозяина и избили трех офицеров. В том же году было немало случаев массового дезертирства и отказа солдат участвовать в подавлении антиправительственных выступлений.
Молодая турецкая буржуазия возглавила антиправительственные выступления в ряде городов Восточной Анатолии – Эрзуруме, Ване, Битлисе, Диярбакыре. Особенно мощными были выступления масс в Эрзуруме. Они начались в марте 1906 г. с массовых манифестаций, участники которых требовали отмены ряда налогов и смещения ненавистных населению чиновников, в частности генерал-губернатора. Правительству пришлось пойти на смену власти в вилайете. Но волнения не прекратились, они перекинулись на солдат местного гарнизона. Созданное руководителями антиправительственного движения общество «Джан верир» («Жертвующий собой»), в котором тон задавала местная торговая буржуазия, даже выпустило обращение к солдатам, призывая их не выступать против восставшего населения края. В феврале 1907 г. правительство вынуждено было пойти на новые уступки эрзурумцам, отменив некоторые налоги.
Аналогичные события произошли весной 1906 г. в Кастамону, где население отказалось от участия в муниципальных выборах и выразило протест против злоупотреблений губернатора и налогового бремени. Пятитысячная толпа демонстрантов захватила помещение почты. Один из офицеров – участников выступления передал по телеграфу в Стамбул требования демонстрантов; султану и Порте пришлось их частично удовлетворить.
В том же году восставшее население отстранило от исполнения его функций губернатора Трабзона. Султан вынужден был и здесь уступить, послав в этот вилайет нового правителя.
И все же правительству удалось репрессиями погасить антиправительственное движение в Анатолии. В Эрзурумском вилайете были произведены массовые аресты. Арестованных судили, 8 человек были приговорены к смертной казни, 18 – к пожизненной каторге. В тюрьмы и ссылки было отправлено много активных участников антиправительственных выступлений.
Роль младотурок в этих событиях состояла главным образом в распространении газет и брошюр пропагандистского характера. Некоторые младотурки участвовали в них и лично, но в целом движение развивалось стихийно. К концу 1907 г. правительству удалось «умиротворить» население в городах Восточной Анатолии.
В 1906 г. усилились антиправительственные настроения и среди учащихся военных и гражданских специальных учебных заведений. Курсанты военного училища в Стамбуле распространяли издания младотурок в учебных заведениях столицы. В результате контактов революционно настроенных групп учащейся молодежи был даже образован «Союз военных и высших гражданских школ». Делались попытки, создать вооруженные подпольные группы. В конце 1906 г. деятельность союза была пресечена властями. Были произведены аресты. Участников организации обвинили в подготовке покушения на султана и министров и осудили на длительные сроки тюремного заключения. Но движение учащейся молодежи столицы полностью подавить не удалось. В 1907 г. действовали тайные группы в военно-медицинском училище и юридической школе. Они продолжали распространять нелегальные издания младотурок.
Нарастание революционной ситуации привело к активизации деятельности младотурецких организаций как за рубежом, так и внутри Османской империи. В 1906 г. «Общество прогресса и единения» распространило воззвание, в котором содержался призыв к борьбе за восстановление конституции 1896 г. и к совместным действиям всех подданных Османской империи против деспотического султанского режима. В этот период «Общество прогресса и единения» вело обширную переписку с единомышленниками в Турции, призывая их к созданию тайных ячеек внутри страны. В 1906–1907 гг. активизировалось и «Общество личной инициативы и децентрализации». Ряд его членов был направлен в Анатолию для создания отделений общества. В 1906 г. принц Сабахеддин начал издавать в качестве печатного органа общества газету «Теракки» («Прогресс»).
В июле 1906 г. в Салониках было создано новое тайное «Османское общество свободы», ставившее своей целью борьбу с деспотическим режимом и иностранным вмешательством. Общество сразу же начало вербовку сторонников, обращая особое внимание на работу в армии. В конце 1906 г. возникла еще одна ячейка младотурецкого движения – в Дамаске.
27 сентября 1907 г. произошло объединение «Османского общества прогресса и единения» и «Османского общества свободы», которое к этому времени приобрело значительное число сторонников, преимущественно среди армейских офицеров. Новая организация получила наименование «Османское общество прогресса и единения». Оно определило своей основной целью «восстановление и применение конституции Мидхат-паши». Было признано целесообразным иметь два центра – зарубежный в Париже и внутренний в Салониках. Салоникский комитет усилил вербовку новых членов и расширял пропаганду в армейских частях, расквартированных в Европейской Турции.
В этот период наметилось сближение младотурецких организаций с революционными партиями и группами, защищавшими интересы нетурецких народов Османской империи. В частности, были установлены контакты с армянскими буржуазно-национальными партиями и руководителями македонского освободительного движения. Армянские буржуазно-национальные организации проявили инициативу в созыве конгресса для обсуждения вопроса о совместных действиях всех политических партий и групп, борющихся против деспотического режима.